В процессе синтеза лекарственных субстанций необходимость использования большого числа разных реакций, типов реакторов и скорости реакций требует максимальной гибкости от технологических установок. Только так возможна координация параллельных и последовательных реакций. И лишь таким образом могут быть выполнены требования, предъявляемые к обеспечению безопасности, кинетики реакций, тепло- и массопередаче.
На стадиях разделения и очистки оставшиеся загрязнения должны быть удалены из субстанции либо путем фильтрации, кристаллизации, измельчения, просеивания, сушки, центрифугирования, либо путем сочетания нескольких способов.